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RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ 坊農 秀雅(編集) - 羊土社
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RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ (アールエヌエーセックデータカイセキウェットラボノタメノテッパンレシピ)

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発行:羊土社
AB判
255ページ
定価 4,500円+税
ISBN
978-4-7581-2243-6   COPY
ISBN 13
9784758122436   COPY
ISBN 10h
4-7581-2243-1   COPY
ISBN 10
4758122431   COPY
出版者記号
7581   COPY
Cコード
C3047  
3:専門 0:単行本 47:医学・歯学・薬学
出版社在庫情報
不明
書店発売日
登録日
2019年11月5日
最終更新日
2019年11月11日
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紹介

医学・生命科学で細胞の特性や差異の解析に汎用されるRNA-Seqは,データをどう料理するかが腕の見せどころ.PC 1台から実践できる一流シェフ(データサイエンティスト)のレシピを,みんなのラボへ.

目次

Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える~Mac+Biocondaを中心に

Chapter 2 データを入手する
(1)RNA-Seqの注意点~外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
(コラム)RNA-Seq vs マイクロアレイ
(2)公共データの利用~AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析

Chapter 3 転写産物の発現を定量する
(1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①~HISAT2+StringTie
(2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②~STAR+RSEM
(コラム)Strand NGS~RNA-SeqデータをGUIで解析する
(3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法~salmon,kallisto,tximport
(FAQ)RNA-Seq定量にまつわるFAQ
(4)転写開始点を解析する方法~CAGE
(コラム)各種ツールの実行時間比較

Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う

Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する

Chapter 6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する~エンリッチメント解析
(コラム)Ingenuity Pathway Analysis~発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
(コラム)アノテーション情報とID変換~Gene Ontology,BioMart,Spotfire

Chapter 7 多数のサンプル間の類似度を比較する~1細胞RNA-Seqの場合
(1)次元削減と可視化
(2)類似度の計算とクラスタリング
(コラム)1細胞RNA-Seq解析の動向

Chapter 8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う~iDEP

Chapter 9 論文投稿に必須! データを登録・公開する~DRA,GEA
(コラム)解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう

索引

上記内容は本書刊行時のものです。