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RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
- 書店発売日
- 2019年11月29日
- 登録日
- 2019年11月5日
- 最終更新日
- 2019年11月11日
紹介
医学・生命科学で細胞の特性や差異の解析に汎用されるRNA-Seqは,データをどう料理するかが腕の見せどころ.PC 1台から実践できる一流シェフ(データサイエンティスト)のレシピを,みんなのラボへ.
目次
Chapter 1 まずはこれだけ! 解析環境を整える~Mac+Biocondaを中心に
Chapter 2 データを入手する
(1)RNA-Seqの注意点~外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど
(コラム)RNA-Seq vs マイクロアレイ
(2)公共データの利用~AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析
Chapter 3 転写産物の発現を定量する
(1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①~HISAT2+StringTie
(2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②~STAR+RSEM
(コラム)Strand NGS~RNA-SeqデータをGUIで解析する
(3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法~salmon,kallisto,tximport
(FAQ)RNA-Seq定量にまつわるFAQ
(4)転写開始点を解析する方法~CAGE
(コラム)各種ツールの実行時間比較
Chapter 4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う
Chapter 5 発現変動遺伝子群を検出する
Chapter 6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する~エンリッチメント解析
(コラム)Ingenuity Pathway Analysis~発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する
(コラム)アノテーション情報とID変換~Gene Ontology,BioMart,Spotfire
Chapter 7 多数のサンプル間の類似度を比較する~1細胞RNA-Seqの場合
(1)次元削減と可視化
(2)類似度の計算とクラスタリング
(コラム)1細胞RNA-Seq解析の動向
Chapter 8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う~iDEP
Chapter 9 論文投稿に必須! データを登録・公開する~DRA,GEA
(コラム)解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう
索引
上記内容は本書刊行時のものです。